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García Pinilla es el coordinador del libro Disidencia religiosa en Castilla la Nueva en el siglo XVI, un volumen colectivo publicado por Almud (el número 55 de la colección Biblioteca Añil) en el que han participado nueve especialistas, algunos de ellos procedentes de países como Reino Unido, Italia, Francia y Costa Rica.
En el siglo XIX se consolidó la idea de que ser español en tiempos de Felipe II equivalía única y exclusivamente a formar parte de la ortodoxia Católica. Por el contrario, durante este momento, que a menudo se identifica con una férrea opresión religiosa por parte del monarca, hubo mayor convivencia y variedad de lo que a menudo pensamos, cristianos disidentes que, además, convivieron aún con moriscos y judaizantes dentro de una España enormemente compleja.
En Castilla la Nueva (una denominación que sus autores encuentran más precisa que la nomenclatura de la comunidad autónoma actual, Castilla-La Mancha) fueron varios los ejemplos de esta disidencia, sobre todo en los tres importantes focos de Cuenca, Toledo y Alcalá de Henares. Concretamente, Disidencia religiosa en Castilla la Nueva en el siglo XVI recoge la peripecia vital de representantes del mundo converso, el mundo protestante y el mundo alumbrado, con especial atención a figuras como el erasmista Juan de Vergara, los protestantes Juan Díaz y Juan de Luna (este tardío, ya del siglo XVII), y católicos disidentes como Juan de Valdés (fuera de España) y Constantino de la Fuente.